▊产品介绍
环境DNA包括粪便、土壤、水体和沉积物等环境中的DNA分子。本试剂盒采用高效的裂解液,结合研磨管,从以上样本中提取到细菌、真菌等各种微生物的基因组DNA,并通过独特的腐殖酸清除技术,有效去除掉样本中的腐殖酸等PCR抑制因子。提取到的DNA抑制物少,纯度高,可直接用于各种如PCR、建库、测序等下游实验。
▊产品特点
1. 操作简便,无需水浴,反复冻融裂解等繁琐步骤,1h内快速提取。
2. 绿色环保,不使用氯仿等有机试剂。
3. 独特的腐殖酸清除技术,提取到的DNA纯度高,可直接用于下游实验。
4. 样本广泛,适用于土壤、粪便、水体等多类型的环境样本基因组DNA提取。
▊操作流程

▊实验结果
基因组DNA提取电泳结果与PCR扩增产物腐殖酸清除效果对比
土壤样品:

如上图所示,与M对比,Z对不同来源的土壤样品兼容性更好(提取试剂盒:ZP318后续简称Z、国外标杆产品M),DNA提取完整性更高,如水稻田土和羊粪肥,Z提取的DNA电泳条带单一、清晰,而M提取的DNA电泳条带弥散。抑制物敏感型PCR实验表明,消除PCR抑制的能力两者基本处于同一水平。

如上图所示,与M对比,除枣树土外,Z提取不同来源土壤得到的DNA浓度略低于M,但是考虑到M存在DNA得率虚高、降解等情况(水稻田土、营养土),可以认为Z试剂盒提取的DNA得率真实性更高。在产物纯度方面,Z提取的DNA的A260/280均处在1.8-2.0之间,不同样本间波动性小,提取稳定性好; M提取的DNA的A260/280波动相对较大,其中羊粪肥的A260/280大于2.1,同时根据电泳结果判断,存在严重的杂质干扰。
水样:

如上图所示,海水和河水两者没有明显差别,但Z提取池塘水的DNA电泳基因组条带亮度要高很多,且M提取的DNA电泳条带出现了拖带。抑制物敏感型PCR实验表明,消除PCR抑制的能力两者基本处于同一水平。

如上图所示,与M对比,Z提取不同来源水样得到的DNA稳定性更好,得率真实性更高(M存在杂质干扰的情况,如池塘水)。在产物纯度方面,Z提取的DNA的A260/280均处在1.8-2.0之间,不同样本间波动性小,提取稳定性好; M提取的DNA的A260/280波动相对较大,其中池塘水的A260/280大于2.1,同时根据电泳结果判断,存在严重的杂质干扰。
粪便样本:

如上图所示,Z提取小鼠和人粪便的DNA条带电泳清晰完整,提取鸡粪便DNA得率较低,电泳条带亮度较暗。抑制物敏感型PCR实验表明,提取的DNA几乎没有抑制物。(由于M试剂盒不适合提取粪便样本,未进行对比 )
植物样本:
取各植物的成熟叶片组织约100mg,液氮研磨后使用Z试剂盒进行DNA提取,结果如下:

结果表明,Z试剂盒可以有效提取较为简单的植物叶片DNA,得率和纯度良好,但不能有效提取如棉花等多酚多糖植物样本。
微生物多样性测序对比(16S、18S、ITS):

16S/18S/ITS rDNA 序列包括保守区域和高变区域,其中保守区在微生物菌种间差异不大,高变区具有属或种的特异性,随亲缘关系不同而有一定的差异。如今,16S/18S/ITS rDNA扩增子测序技术已成为研究环境样本中微生物群落组成结构的重要手段。
物种相对丰度
各试剂盒在不同分类水平(门、纲、目、科、属、种)下Top30的物种分布绘制为柱状图展示如下:


结果表明,Z和M提取的水稻田土、枣树土和河水三种样品的整体微生物群落结构均无显著性差异,Z的菌群多样性略优于M
稀释曲线与α多样性

横坐标为测序深度(序列数),纵坐标为检测到的OTU数量,随着测序深度的增加,检测到OTU的数目逐渐增加,并趋于平缓,Z和M的曲线达到平台期的OTU总数基本一致。这说明两个试剂盒提取的物种丰富度非常接近,样本间均一性良好,组内差异小。